מטרת החוג לארכיאולוגיה היא להקנות לתלמידיו ידע רחב ומקיף במגוון הנושאים הקשורים לארכיאולוגיה להכרת הארץ, לתרבויות החומריות ולהיסטוריה של ארץ ישראל, של הארצות השכנות ושל אגן הים התיכון מן העידן הפרהיסטורי ועד ימי הביניים. בוגרי החוג הרוצים בכך מקבלים הכשרה לעבודה ארכיאולוגית בחפירות ובסקרים, בהתאם לבחירת מסלול הלימודים. החוג מכשיר כח אדם מיומן ואיכותי לתעסוקה ברשות העתיקות, במוזיאונים, בהוראה בבתי ספר (שיעורי של"ח ועוד), ובתיירות בארץ ובעולם.
תחומי הלימוד מגוונים, גם מבחינת התקופות וגם מבחינת הנושאים : ארכיאולוגיה של כל התקופות – משחר האנושות, תקופות המקרא, ימי בית שני וימי המשנה והתלמוד (התקופות ההלניסטית, רומית, ביזאנטית), התקופה המוסלמית ועד שלטון הצלבנים.
בלימודים ניתן דגש מיוחד לשיטות מחקר החדשניות ובהתאם לכך המישור השני הוא מישור נושאי, ובו נלמדים תחומים ומדעים המשולבים במחקר הארכיאולוגי המודרני. אלה כוללים בין השאר: ארכיאוזואולוגיה (חקר עצמות בע"ח בעולם העתיק, דיאטה וכלכלה), ארכיאו-מטלורגיה (חקר מתכות עתיקות) חקר טכנולוגיות וחומרים עתיקים אחרים, גיאו-ארכיאולוגיה, פלינולוגיה (חקר אבקת פרחים מאובנת), שיטות לשיחזור הסביבה והאקלים, שיטות תיארוך, ושימושי מחשב בארכיאולוגיה.
בנוסף לחפירות הנערכות מדי שנה, החוג מקיים סיורים רבים, להיכרות עם הארץ, נופיה ואתריה, היוצרים אווירה ייחודית.
החוג מקיים תכנית ייחודית - עיונית ומעשית - בתחום
